L’étude des génomes du bonobo et du chimpanzé montre qu’ils comportent 0,4 % de différence. Des études moléculaires permettent d’estimer le temps nécessaire pour que ces différences apparaissent. Ainsi, la date de séparation de ces deux groupes de primates pourrait s’être produite il y a 1 million d’années (Ma). Par ailleurs, la formation du fleuve Congo est estimée à –2 Ma. Des chercheurs indiquent qu’aucun indice significatif d’hybridation entre les deux espèces depuis cette séparation n’a été trouvé.
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